Cet orgue, construit en 1862 par Joseph Merklin de Bruxelles fut le premier orgue du Conservatoire Royal de Liège. Il se situait dans la classe 13 (classe d'orgue) où il servit de nombreuses années à l'enseignement. Son buffet est constitué d'une simple devanture en sapin.
Dans les années 1960, l'orgue fut électrifié et " baroquisé " par Maurice Delmotte de Tournai. Ces modifications nécessitèrent l'installation d'une nouvelle console.
Dès l'arrivée d'Hubert Schoonbrodt comme professeur d'orgue en
1969, l'instrument fut délaissé au profit d'un petit orgue d'étude
mécanique (3 jeux, 2 claviers et pédale en tirasse). L'instrument
de Merklin-Delmotte resta cependant en place jusqu'à l'installation du
nouvel orgue de Georges Westenfelder (25 jeux, 3 claviers et pédale)
qui est actuellement utilisé pour les cours de la classe d'orgue.
En 1979, Christian Vaillant racheta l'instrument à titre personnel puis
le remonta entièrement à Saint-Denis quelques années plus
tard. Depuis lors, cet orgue donne entière satisfaction en remplacement
de l'orgue de la tribune devenu injouable.
Composition de l'orgue du transept
| Grand-Orgue (I) | Principal 8 | Récit expressif (II) | Flûte 8 | |
| 56 touches Do 1 à Sol 5 | Bourdon 8 | 56 touches Do 1 à Sol 5 | Salicional 8 | |
| Prestant 4 | Principal 4 | |||
| Flûte conique 4 | Cymbale II | |||
| Nazard 2 2/3 | Hautbois 8 | |||
| Octave 2 | ||||
| Tierce 1 3/5 | Pédale | Soubasse 16 | ||
| Fourniture III | 32 touches Do 1 à Sol 3 | Bourdon 8 | ||
| Flûte 4 |
| Accessoires | P + I |
| P + II | |
| P + II 4 | |
| I + II | |
| Expression | |
| Combinaison libre | |
| Tutti |
L'instrument auquel on a conservé ses sommiers mécaniques d'origine possède une traction électro-mécanique pour les notes et électro-pneumatique pour les jeux. Il offre également la possibilité de préparer une "combinaison libre".